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De l'Antiquité jusqu'au XVIIe siècle, la théologie est la forme suprême de la philosophie.
Aux yeux d'Aristote, la « science théologique » accomplit par excellence le désir de savoir et constitue le sommet de la métaphysique. Pour les stoïciens, la théologie physique, comprise comme science philosophique de la nature, rend compte des rites de la cité et des symboles de la mythologie. Avec le néoplatonisme, la theologia intègre dans un système rationnel les rituels et les mythes du polythéisme grec.
Le christianisme s'empare ensuite du projet pour construire à son tour, à partir des images et des récits contradictoires de l'Écriture, une rationalité discursive. En terre d'Islam, la pensée métaphysique se distingue de la théologie politique pour régler l'interprétation des images bibliques et coraniques, et critiquer l'apologétique religieuse. Dans le monde latin, la théologie comme science triomphe au Moyen Âge. Mais l'expansion de la théologie spéculative finit par refouler l'exégèse des Écritures, ainsi que leur dimension mystique et symbolique, hors du champ de sa considération. À partir de Galilée, la théologie cesse d'être la discipline suprême et doit reconnaître l'autonomie critique de la science de la nature. L'histoire de cette science philosophique permet de mieux comprendre son sens et son destin.
