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La Compagnia di Gesù nasceva nell'Europa lacerata dalle guerre e percorsa dal millenarismo, dal profetismo, dal radicalismo, scegliendo di porsi a fianco del papa per riconquistare i paesi passati al protestantesimo ed evangelizzare i mondi d'oltremare. Nonostante lo speciale voto di obbedienza circa missiones, che la fece rappresentare come l'esercito della Santa Sede, agguerrito e pronto ad andare ovunque ve ne fosse il bisogno, numerosi sono gli scontri nella storia tra i gesuiti e i papi. Un ordine religioso che nasceva mettendosi a servizio del pontefice ma che proprio da un papa (Clemente XIV, 1773) sarebbe stato soppresso con il pretesto che la sua presenza ostacolava la pace vera e durevole nella Chiesa. La Compagnia di Gesù avrebbe dunque dovuto smettere di esistere, ma continuò a vivere in pìccole enclaves europee e non. Di nuovo per volontà del capo della Chiesa l'ordine rinacque (Pio VII, 1814), pronto a rimettersi al fianco di Roma e a difenderne le posizioni più conservatrici, divenendo il simbolo della restaurazione in Europa e il principale ostacolo a ogni forma di incontro tra cultura cristiana e mondo moderno: la democrazia, il liberalismo, le nuove scoperte biologiche. Ancora una volta la Compagnia sarebbe diventata il centro capace di contenere intransigenti e moderati, intellettuali conservatori e moderni, evoluzionisti, e molti altri opposti, così com'era stato al momento della sua nascita e della sua storia di età moderna. E ancora una volta generando conflitti e conciliazioni, sopravvivenze e rinnovamenti della tradizione e dell'esperienza religiosa che alimentarono contrasti con il papato, particolarmente gravi ai tempi di Giovanni Paolo II.
