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Unsere Umwelt enthält eine Vielfalt von Antigenen, infektiösen Mikrobien und pathogenen Noxen, mit denen unser Immunsystem ständig konfrontiert wird. Die Funktionen des Immunsystems umfassen die Abwehr körperfremder Substanzen, die kontinuierliche Elimination von anomalen und entarteten Körperzellen, aber auch die Toleranz gegenüber Antigenen sowie das Prinzip der Vakzination. Die grösste Kontaktfläche des Menschen mit seiner Aussenwelt stellt der Gastrointestinaltrakt dar. Allein die auf der Ebene der Mikrovilli geschätzte Oberfläche des Dünndarms wird mit über 100 m² angegeben und diese grosse Kontaktfläche stellt besondere Anforderungen an das Immunsystem.
Der Darminhalt ist im Grunde ein Teil der Umwelt und mit diesem treffen vielfältige Antigene auf das intestinale Immunsystem. Das intestinale Immunsystem soll den Körper gegen pathogene Bakterien, Viren und Parasiten schützen, aber auch Toleranz gegenüber Antigenen der Darmflora und aus Nahrungsmitteln entwickeln. Bereits Ende der zwanziger Jahre gab es erste Beobachtungen, die für die Existenz eines lokalen intestinalen Immunsystems sprachen. So konnte die orale Gabe von abgetöteten Salmonellen bei Versuchstieren vor einer dysenterischen Infektion nach erneuter Exposition mit Salmonellen schützen. Bakterielle Agglutinine von an Dysenterie erkrankten Patienten konnten bereits im Stuhl nachgewiesen werden, bevor diese im Blut auftraten. Erst vierzig Jahre später, mit der Entdeckung des sekretorischen Immunglobulin A, wurde die Aufmerksamkeit erneut auf das intestinale Immunsystem gelenkt. Seither gibt es wesentliche Fortschritte auf dem Gebiet der mukosalen Immunologie.
