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Un soir de tempête, non loin de Marseille, un bateau de pêche recueille le corps d'un homme grièvement blessé et inconscient. Les soins patients d'un vieux médecin, anglais et alcoolique, finissent par le sauver. Mais, si l'homme reprend connaissance, il a perdu la mémoire ; il ne se rappelle rien de son passé.
Toutefois, il a sous la peau de la jambe un morceau de film avec le numéro d'un compte dans une banque suisse. C'est le seul indice qu'il ait de son identité. Il part donc pour Zurich et découvre là que le titulaire du compte est un certain Jason Bourne et aussi que Jason Bourne est un homme marqué, condamné et traqué par plusieurs tueurs. Pourquoi ? Qu'y a-t-il dans le passé de Bourne pour expliquer cet acharnement à le faire disparaître ?
C'est le début de l'extraordinaire enquête que mène un homme sans mémoire pour retrouver son passé, pour découvrir qui il est. Est-il un assassin professionnel ? Quelles tueries a-t-il commises ? Que signifient les images atroces, les bribes de souvenirs qui viennent le hanter ? ... Avec pour unique alliée une femme qu'il a d'abord contrainte à le suivre et qui bientôt s'attache à ce personnage tout à la fois redoutable et désarmé, celui qu'on appelle Jason Bourne va chercher à percer le mystère de son identité. Ses efforts l'entraînent parmi les réseaux du terrorisme international et son chemin croise et recroise celui du plus impitoyable des tueurs de notre époque, l'insaisissable Carlos...