Agrobacterium Protocols - Volume II

Agrobacterium tumefaciens is a soil bacterium that for more than a century has been known as a pathogen causing the plant crown gall disease. Unlike many other pathogens, Agrobacterium has the ability to deliver DNA to plant cells and permanently alter the plant genome. The discovery of this unique feature 30 years ago has provided plant scientists with a powerful tool to genetically transform plants for both basic research purposes and for agric- tural development. Compared to physical transformation methods such as particle bomba- ment or electroporation, Agrobacterium-mediated DNA delivery has a number of advantages. One of the features is its propensity to generate single or a low copy number of integrated transgenes with defined ends. Integration of a single transgene copy into the plant genome is less likely to trigger "gene silencing" often associated with multiple gene insertions. When the first edition of Agrobacterium Protocols was published in 1995, only a handful of plants could be routinely transformed using Agrobacterium. Ag- bacterium-mediated transformation is now commonly used to introduce DNA into many plant species, including monocotyledon crop species that were previously considered non-hosts for Agrobacterium. Most remarkable are recent devel- ments indicating that Agrobacterium can also be used to deliver DNA to non-plant species including bacteria, fungi, and even mammalian cells.

List of contents

Root Plants.- Carrot (Daucus carota L.).- Cassava (Manihot esculenta Crantz).- Potato (Solanum tuberosum L.).- Sweet Potato [Ipomoea batatas (L.) Lam.].- Turf Grasses.- Bermudagrass (Cynodon spp.).- Perennial Ryegrass (Lolium perenne L.).- Switchgrass (Panicum virgatum L.).- Tall Fescue (Festuca arundinacea Schreb.).- Turf Grasses.- Woody Species.- American Elm (Ulmus americana).- Cork Oak Trees (Quercus suber L.).- Eucalyptus.- Pine (Pinus radiata).- Poplar (Populus spp.).- Rubber Tree (Hevea brasiliensis Muell. Arg).- Tropic Plants.- Banana (Musa sp.).- Citrus.- Coffee (Coffea sp.).- Papaya (Carica papaya L.).- Pineapple [Ananas comosus (L.) Merr.].- Sugarcane (Saccharum spp.).- Nuts and Fruits.- American Chestnut [Castanea dentata (Marsh.) Borkh.].- Apple (Malus × domestica).- Blueberry (Vaccinium corymbosum L.).- Grapevine (Vitis vinifera L.).- Strawberry (Fragaria × ananassa).- Walnut (Juglans).- Ornamental Plants.- Carnation (Dianthus caryophylus L.).- Chrysanthemum (Dendranthema × grandiflora).- Orchids (Cymbidium spp., Oncidium, and Phalaenopsis).- Petunia (Petunia hybrida).- Rose (Rosa hybrida L.).- Medicinal Plants.- Ginseng (Panax ginseng).- Hemp (Cannabis sativa L.).- Opium Poppy (Papaver somniferum).- Non-Plants.- Actinomycetes (Streptomyces lividans).- Filamentous Fungi (Magnaporthe grisea and Fusarium oxysporum).- Green Alga (Chlamydomonas reinhardtii).- Mammalian Cells.- Mushroom (Agaricus bisporus).- Yeast (Saccharomyces cerevisiae).

Summary

Agrobacterium tumefaciens is a soil bacterium that for more than a century has been known as a pathogen causing the plant crown gall disease. Unlike many other pathogens, Agrobacterium has the ability to deliver DNA to plant cells and permanently alter the plant genome. The discovery of this unique feature 30 years ago has provided plant scientists with a powerful tool to genetically transform plants for both basic research purposes and for agric- tural development. Compared to physical transformation methods such as particle bomba- ment or electroporation, Agrobacterium-mediated DNA delivery has a number of advantages. One of the features is its propensity to generate single or a low copy number of integrated transgenes with defined ends. Integration of a single transgene copy into the plant genome is less likely to trigger “gene silencing” often associated with multiple gene insertions. When the first edition of Agrobacterium Protocols was published in 1995, only a handful of plants could be routinely transformed using Agrobacterium. Ag- bacterium-mediated transformation is now commonly used to introduce DNA into many plant species, including monocotyledon crop species that were previously considered non-hosts for Agrobacterium. Most remarkable are recent devel- ments indicating that Agrobacterium can also be used to deliver DNA to non-plant species including bacteria, fungi, and even mammalian cells.

Foreword

Die Idee zu diesem Buch entstand zwischen Vorspeise und Hauptgericht
in einem Kreuzberger Restaurant. Das Gespräch an unserem
Vierertisch drehte sich um Kunst, genauer gesagt um Franks Einrichtungsprobleme.

"Was", so sinnierte er, "häng' ich in meiner
neuen Wohnung an die Wände?" - "Ach", spöttelte
Jürgen, "ist die Zeit der Poster für dich jetzt
auch vorbei?"

Lächerlich. Wo wir doch alle ganz genau wußten, daß
er - gerade mal vor einem Monat - ein Miró-Plakat durch
ein Ölbild ersetzt hatte. Sein erstes übrigens, und
das hatte er während einer Ausstellung in seiner Stammkneipe
gekauft.

"Typisch", lachten wir.

"Na und", verteidigte er sich, "wie oft wart Ihr
denn schon in einer Galerie?" Schweigen.

"Berlin ist doch sowieso keine Stadt, in der man Kunst oder
Antiquitäten kauft", behauptete Mechthild, die bis vor
kurzem in Köln gewohnt hatte. Die anderen nickten.

"Unsinn", trumpfte ich auf, "ihr kennt euch hier
eben nicht aus." - "Aber du, was?", hörte
ich und dazu die ketzerische Aufforderung: "Dann schreib'
doch ein Buch darüber!"

Voilá, hier ist es. Obwohl ich, ehrlich gesagt, lange gezögert
habe. Denn, wie sollte man die Stadt unter dem Kunstaspekt in
den Griff bekommen? Um alle Galerien, Kunsthandlungen und Antiquitätengeschäfte
beschreiben zu wollen, hätte ich ein dickleibiges Lexikon
füllen müssen. Was tun, wenn man nur 128 Seiten zur
Verfügung hat? Ein bunter Querschnitt kam in Frage. So habe
ich mich anfangs eine Zeitlang durch die Kunstmetropole treiben
lassen. Was danach in meinen Notizblöcken stand und jetzt
in diesem Buch gedruckt ist, zeigt, wieviel Berlin zu bieten hat.
Möchten Sie einen Bilderrahmen von 1750? Bitte sehr. Soll
es ein Buddha sein, ein Bild von Otto Dix, ein italienisches Aquarell,
Berliner Eisen oder ein antiker Kelim? Alles vorhanden. Die
vielen Adressen im Anhang weisen Ihnen den Weg.

Zuvor aber dürfen Sie gern ein bißchen schmökern.
Sie werden Menschen kennenlernen, die tagtäglich in diesem
Metier arbeiten: Kunsthändler, Galeristinnen und Künstler.
Werfen Sie mit mir einen Blick in den Werkstattgarten eines Bildhauers,
lassen Sie sich erzählen, wie es in einem Auktionshaus zugeht,
oder staunen Sie - wie ich - über die Einfälle moderner
Designer.

Kunst ist schön und gut, aber ist sie nicht viel zu teuer?
In vielen Galerien kann man auch mit schmaler Brieftasche einkaufen,
und in den Apotheken bekommt man Originales - leihweise - sogar
gratis. Ob Sie die Bilder dann so aufhängen, wie es "mein"
Experte machen würde, bleibt ganz Ihnen überlassen.

50 Prozent aller Deutschen interessieren sich für Kunst.
Das jedenfalls hat die Zeitschrift Art kürzlich herausgefunden.
Aber noch immer gibt es viele unter ihnen, die sich nicht in eine
Galerie oder in ein Antiquitätengeschäft trauen. All
jenen möchte ich mit meinem Buch ein bißchen Mut machen.

Bei kaum einer Recherche zuvor habe ich so viele kundige und freundliche
Menschen getroffen wie bei dieser. "Kunst ist kein schnelles
Geschäft", sagte eine Galeristin. Die meisten haben
sich wie sie viel Zeit für ein Gespräch genommen. Lehrreich
und interessant waren diese Begegnungen, faszinierend war oft
die Betrachtung der Kunst. Nicht zu fassen, an welch überraschenden
Orten sie in Berlin zu finden ist - vom Atelier unterm Fabrikdach
bis hin zur Werkstatt der Gipsformerei.

Das Manuskript beendete ich mit zwei weinenden Augen. Keine Seite
mehr frei, zu dumm. So viele Geschäfte und Galerien, die
ich noch gern besucht und beschrieben hätte. Keine Termine
mehr für Händlerinterviews und Künstlergespräche.
Kunst in Berlin zu entdecken, das ist wohl (fast) eine Lebensaufgabe.
Am besten, Sie fangen gleich damit an.

Hella Kaiser, im August 1996

Additional text

From the reviews of the second edition:

"This is, as the title suggests, a laboratory manual with protocols for using Agrobacterium tumefaciens to transform plant species … . the book will be a valuable addition to the laboratory bookshelf. The protocols … are clearly set out and the notes explain things … . I was also pleased that some chapters mentioned the need to consider regulatory issues regarding disposal of genetically modified materials, something that is often ignored in lab manuals." (Heather Macdonald, SGM – Society for General Microbiology, 2007)

Report

From the reviews of the second edition:

"This is, as the title suggests, a laboratory manual with protocols for using Agrobacterium tumefaciens to transform plant species ... . the book will be a valuable addition to the laboratory bookshelf. The protocols ... are clearly set out and the notes explain things ... . I was also pleased that some chapters mentioned the need to consider regulatory issues regarding disposal of genetically modified materials, something that is often ignored in lab manuals." (Heather Macdonald, SGM - Society for General Microbiology, 2007)

Product details

• Assisted by: Ka Wang (Editor), Kan Wang (Editor)
• Publisher: Springer, Berlin
• Languages: English
• Product format: Hardback
• Released: 17.04.2009
• EAN: 9781588298430
• ISBN: 978-1-58829-843-0
• No. of pages: 512
• Weight: 929 g
• Illustrations: 512 p. 87 illus., 6 illus. in color.
• Series: Methods in Molecular Biology; Methods in Molecular Biology
• Subjects: Natural sciences, medicine, IT, technology > Biology > Botany; B, Botany, molecular biology, Genetic Engineering, Biomedical and Life Sciences, Plant Science, Plant Sciences, saccharomyces cerevisiae