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On ne peut raisonnablement « faire de l'opinion d'un particulier une loi à tous les autres hommes », avertit René Rapin face à l'indépendance revendiquée par la nouvelle philosophie ; la vérité n'est pas accessible au moyen d'une réflexion autonome. Cette position n'est pas sans évoquer un décret du Concile de Trente contre les lecteurs de la Bible qui cherchent à s'émanciper de la tradition. Vu sous cet angle, le jansénisme doit apparaître comme une hérésie encouragée par la réforme de Descartes, qui a confirmé l'opposition platonicienne entre épistémè et doxa, entre philosophie et rhétorique, ouvrant un paradigme fondateur de l'épistémologie moderne.
Scriptor de la Compagnie de Jésus, Rapin entreprend un vaste projet de synthèse de la connaissance à l'âge classique afin de contenir ces menaces qui pèsent à la fois sur l'orthodoxie, sur l'aristotélisme, et sur la paideia. Il appuie cette contre-réforme épistémologique sur des bases aristotéliciennes et thomistes : « La seule tradition et le consentement universel de tous les peuples, pourrait nous obliger à rendre justice à ces grands personnages, qui ont été les fondateurs des sciences. Car c'est une grande assemblée que le monde, où chaque siècle a son suffrage, et pour savoir ce qui est à préférer dans le jugement qu'on fait des personnes : il faut voir ceux qui ont mérité du public une approbation plus universelle. Il n'y a que les esprits superficiels qui puissent se plaire aux opinions nouvelles ». Pour autant, ce serait une erreur de ne voir dans cette résistance que la force d'inertie du dogmatisme scolastique. Au contraire, l'essor des nouvelles doctrines oblige à une démarche de conciliation du public mondain, et l'aristotélisme classique se nuance d'un académisme chrétien qui met la sagesse au-dessus de la connaissance, dont la construction ne peut être que sociale. Avec politesse et fermeté, le discours savant recherche un équilibre harmonieux entre rhétorique et philosophie.
