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Simple hypothèse au début du XIXe siècle, l'évolution devient réalité cinquante ans plus tard. Peu à peu se met en place le cadre conceptuel d'une nouvelle science historique : la biologie évolutive. Il y a une histoire de la vie sur Terre ! Tandis que la cosmologie décrypte l'histoire de l'Univers, la biologie, elle aussi, concurrence le mythe. On comprend, dès lors, pourquoi elle fascine, ou fait peur, d'autant qu'elle donne aux questions simples que les hommes se posent des réponses qui vont à l'encontre des intuitions du sens commun. Pas à pas, le livre suit les hypothèses, les orientations divergentes, les tâtonnements qui ont conduit à la mise en place du modèle qui établit les fondements de la biologie évolutive moderne.
Décrire l'histoire de la vie sur Terre ne suffit pas : il faut en expliquer les mécanismes intimes. Or, l'organisme vivant, dans son environnement, est, de prime abord, considéré comme une « machine vivante », créée par un concepteur : créationnisme simple ou déguisé sous l'apparence du « dessein intelligent », finalité brute ou déguisée sous l'apparence de la téléonomie. Progressivement, la biologie évolutive se dégage des options finalistes pour décoder, grâce à la génétique, le mystère du génotype, et les relations complexes qu'il entretient avec le phénotype et l'environnement. Les méandres de ces recherches délicates et ô combien ! difficiles passent, à un moment décisif, par des interactions fortes avec la physique quantique et les mathématiques, pour culminer avec la découverte de « l'atome d'hydrogène » de la biologie, l'opéron lactose, modèle de la régulation de l'expression du gène chez la bactérie. Pourtant, alors que l'essentiel semble acquis, les conséquences de ce décryptage ne sont toujours pas universellement comprises ni admises, tant la conception classique de la causalité linéaire se trouve bouleversée par les interactions à l'infini des boucles autoréférentes qui rythment la structure et l'évolution du vivant.
