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«On n'interroge plus la vie dans les laboratoires» déclarait François Jacob. Partant de ce constat, l'auteur explique comment on a pu en arriver là: l'objet central de la biologie contemporaine n'est plus la vie, mais le gène.
Or, depuis sa fondation par Mendel au XIXe siècle, la génétique est ce qu'on appelle une science différentielle - au sens où une différence dans un facteur génétique est la cause d'une différence dans un phénotype observable. Il s'ensuit que, là où il n'y a pas de différences, la génétique n'est plus opérationnelle. Autrement dit, la génétique ne permet pas d'observer l'invariant ni même de le concevoir. C'est notamment le cas pour le plus important parmi tout ce qui est invariant: le fait que les organismes vivants ne sont pas des «choses», mais des flux d'énergie et de matière organisés de telle sorte que ces organismes se produisent en permanence, d'instant en instant. Appelé autopoïese, cet invariant-là est ignoré de la génétique. D'où le divorce historique qui sépare la génétique de la biologie des organismes.
On peut penser que les grandes découvertes de la biologie moléculaire rendent caduques ces considérations d'histoire et de philosophie des sciences, mais il n'en est rien. On a, certes, découvert la structure moléculaire de l'ADN - support matériel des gènes - ainsi que le «code génétique». Mais un organisme vivant ne se réduit pas à un assemblage de protéines. Et les notions-clés d'«information», de «message» et de «code» - importées de la cybernétique - ont une face cachée: aucun message codé ne porte en lui-même le dispositif permettant de l'interpréter.
L'auteur examine aussi les possibilités d'une réconciliation entre une véritable biologie des organismes et une génétique ramenée à sa juste place par une reconnaissance de ses limites: ce n'est pas parce que les gènes ne peuvent pas tout faire qu'ils ne peuvent rien faire. Ils constituent indéniablement le support d'informations codées puisque depuis trois milliards d'années ces mêmes informations ont permis l'évolution par variation aléatoire et sélection naturelle; une évolution à laquelle nous ne devons pas moins que l'ensemble des organismes vivants actuels.
