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Les dispositions applicables aux congrégations héritent d'anciennes incompréhensions profondes à l'égard du monachisme lato sensu de l'Eglise catholique et de luttes conduites par les systèmes monarchiques ou républicains qui cherchèrent à s'appuyer sur différentes formes de régalisme ou de gallicanisme, et par les Lumières et la Révolution. Depuis le XIXe siècle et après 1914-1918, il faut prendre en compte l'ouvre accomplie par la jurisprudence du Conseil d'Etat et par celle de la Cour de cassation, ainsi que la pratique du bureau central des Cultes de Paris et de celui de Strasbourg : la tutelle de l'Etat sur les congrégations était persécutrice avant 1914. A partir du déclenchement de la guerre, en août 1914, où l'Union sacrée prévaut sur la lutte anti-congréganiste, l'Etat transforme peu à peu sa tutelle en protection rapprochée. Mais en 1989, la célébration du Bicentenaire de la Révolution remet en mémoire la loi de février 1790 qui refusait toute reconnaissance par l'Etat des voux perpétuels monastiques. L'Etat a néanmoins octroyé des autorisations à certaines congrégations sous Napoléon, puis imposé une reconnaissance légale dès 190-1, procédure qui fut maintenue en 1905 (art. 38) malgré la fin de la reconnaissance des cultes par l'Etat en Vieille France (art. 2). Or, une congrégation appartient toujours à un culte, sinon le groupement en question serait une sorte de "microreligion". Depuis 1942 et 1944, la reconnaissance légale n'est plus obligatoire. A partir de 1988, l'Etat cesse de se focaliser sur les congrégations du seul culte catholique romain et ouvre ses régimes à des groupements non catholiques, susceptibles de se prétendre congréganistes.
Cet article 38 de la loi de 1905 ainsi que le principe laïc du respect des règles d'organisation propres à chaque culte (voir l'article 4 de cette même loi) offrent les appuis nécessaires - moyennant le respect d'un ordre public républicain français qui n'est pas communautariste - pour que l'Etat poursuive son dialogue avec chacun des cultes auxquels appartiennent des congrégations. Une fois reconnue par l'Etat, la congrégation reçoit des statuts civils qui ne correspondent pas tout à fait à ses propres statuts religieux, a fortiori depuis l'affaire du Bicentenaire de la Révolution à l'encontre des voux canoniques. Les congréganistes, qui préfèrent se contenter de ce régime civil parce qu'il se présente comme plus sûr et plus complet que les recours plus indirects aux associations de congréganistes dont doit s'entourer une congrégation non reconnue pour se manifester civilement à des tiers, ont espéré pouvoir contribuer à l'amélioration progressive de ces régimes administratifs et civils. Les années 1990 ont vu se durcir les procédures comme si les congrégations pouvaient présenter des risques sectaires. Quant à la question philosophique et théologique du droit inné pour les congrégations à accéder librement à la personnalité morale de droit commun, elle reste posée.
