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En avril 1793, le premier acte du Comité de salut public est la création d'une commission chargée de "rechercher et d'éprouver les nouveaux moyens de défense" : derrière Guyton et Prieur de la Côte-d'Or, les savants prennent en main l'organisation matérielle de la victoire de la France républicaine contre l'Europe coalisée et inspirent les grandes institutions scientifiques et techniques fondées par la Convention (Ecole polytechnique, Conservatoire des arts et métiers.) L'analyse des ressorts de cet épisode héroïque de la mémoire nationale en donne ici une lecture enfin dégagée de l'anecdote et de l'idéologie, qui inscrit l'action des savants et des politiques dans la genèse de la recherche publique : de la fin de la Guerre de Sept ans à la révolution de 1830, par-delà les changements de régime, la modernisation de l'Etat passe aussi par la gestion de l'innovation.
Avant d'être un modèle de crise vers lequel se tournera la France en 1870 et en 1914, la "mobilisation des savants" de l'An II est le cæur d'une organisation révolutionnaire de la recherche fondée sur une étroite collaboration entre le savoir et le pouvoir. Elle assure le passage entre le vieux modèle colbertiste de l'expertise académique de l'Ancien Régime, moins figé qu'on ne le pense, et un modèle technocratique d'administration de la recherche par les corps d'Etat de formation polytechnicienne. La normalisation qui s'opère du Directoire à la Restauration prend ses racines dans la puissance croissante des corps savants dans l'appareil de l'Etat, depuis la création de leurs écoles au siècle des Lumières et de leurs comités centraux sous la Révolution.
De Louis XVI à Charles X, mais avec une impulsion majeure sous la Ière République, le pouvoir invente des formes d'intervention et des structures spécifiques. Il uniformise les procédés, les matériels et les formations, assure l'expertise et la conservation patrimoniale des inventions. Il prend l'initiative d'une recherche collective dans des institutions pérennes où il lance des programmes de recherche associant savants et militaires pour "l'application des sciences à la guerre".
Un nouveau paysage de l'innovation est mis en place pour plus d'un siècle. Derrière le caractère militaire de ces institutions, il s'agit en fait de la naissance de la recherche publique en France. La suite n'est que changement d'échelle, adaptation aux réalités nouvelles et évolution naturelle d'un modèle dont l'influence se fait sentir à l'étranger après Waterloo.
