Quando l'amato nonno lascia a Jake indizi su un mistero che attraversa mondi e tempi alternativi, il ragazzo si ritroverà in un luogo magico noto come La casa per bambini speciali di Miss Peregrine. Ma il mistero si infittisce quando Jake conoscerà gli abitanti della casa, i loro poteri speciali e i loro potenti nemici. Alla fine scoprirà che solo la sua "peculiarità" potrà salvare i suoi nuovi amici.